Sopravvissuti alla mortale realtà virtuale di Swort Art Online, Kirito e Asuna si interessano a un nuovo gioco, questa volta in realtà aumentata, che funziona attraverso la tecnologia Augma. Quando però anche in questo videogame appaiono i nemici di Sword Art Online i due vogliono vederci più chiaro e si ritrovano al centro di una nuova trappola. C'è infatti qualcuno che ha progettato questo sistema e che usa i "boss" del precedente gioco per attirarne i giocatori e rubare loro i ricordi di quel mondo virtuale, con possibili danni cerebrali. Inoltre un misterioso giocatore, rimasto del tutto defilato in Sword Art Online, è qui invece un campione abilissimo, che interviene negli scontri con propri obiettivi, in contrasto a quelli degli altri partecipanti che giocano in modo più cooperativo.