La storia ruota attorno al protagonista Kirito e alle sue imprese eroiche come giocatore di Sword Art Online, un VRMMORPG di nuova generazione. Siamo nel 2022, quando più di diecimila giocatori si collegano a un gioco virtuale e vi rimangono intrappolati. "Game Over" significa morire anche nella vita reale. Un eroe riesce a liberare i giocatori intrappolati e a mettere fine all'incubo. Quel gioco si chiama SWORD ART ONLINE. Questa storia si svolge molto tempo prima che la "Saetta" e lo "Spadaccino Nero" fossero conosciuti con questi nomi... Kirito e Asuna sono infatti intrappolati nel gioco mortale Sword Art Online da ormai due mesi. I due hanno raggiunto il quinto piano, incentrato sulle rovine. Avventurandosi attraverso sotterranei, catacombe ed enormi labirinti, incontrano mostri sempre più terribili, che Asuna non è in grado di gestire. Ma soprattutto devono affrontare diversi Player Killer, cioè giocatori che uccidono altri giocatori solo per divertimento. La lotta per la sopravvivenza diventa sempre più cruenta.